שְׁאֵלָה:
אילו כלים מאפשרים השוואה מהירה של פלט NetCDF ממודלים של אוקיינוסים?
ZZZ
2014-04-16 22:39:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני כותב סקריפטים משלי של MATLAB כדי לבצע את רוב ההדמיה וניתוח הנתונים של תוצאות המודל. מעניין אם יש דרך מהירה יותר להשוואה ויזואלית של תוצאות סימולציה שנצברו ממערכות דוגמנות אוקיינוס ​​שונות. האם יש חבילת תוכנה (רצוי בחינם) שעובדת עם פלט מודל NetCDF תואם ל- CF ( ועידות מטא נתונים של תחזית) באופן ישיר או שתמיד נדרש קידוד כלשהו?

@bhf אה, תודה. נראה שאולי זה דבר ספציפי למדעי האקלים כרגע, אם כי אם זה יכול להתפשט לאזורים אחרים באוקיאנוס ומדע האטמוספירה זה יכול להיות רק דבר טוב ...
נא לא לשאול כאן שאלות בנושא קניות / המלצות. נסה את [softwarerecs.se]
אני לא מסכים לגבי היותו אחד מהמלצות התוכנה - השאלה הכוללת היא לא כל כך "באיזו תוכנה עלי להשתמש" כמו "מהי דרך מהירה וקלה להשוות בין מערכי הנתונים האוקיאנוגרפיים הללו". אני חושב שאם השאלה הייתה ערוכה בכדי לשנות את הדגשים ככאלה, היא די תקפה כאן. זה * אולי * מעט רחב, אבל אני חושב שאפשר לתקן אותו עם מעט עריכה - אולי דוגמה לבעיה שיש לפתור.
שבע תשובות:
#1
+19
BHF
2014-04-22 10:33:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

להשוואה חזותית מהירה מאוד הייתי משתמש ב דפדפן קוביות או ב ncview יחד עם כלי שורת פקודה כמו מפעילי נתוני האקלים. לייצור מהיר של גרפיקה יפהפה (ואנימציות) Panoply באמת עושה עבודה טובה. לניתוח נוסף או גרפיקה מיוחדת המשיכו לעקוב אחר הגישה והסקריפט שלכם עם דברים כמו MATLAB, Python (למשל עם Iris), IDL, R, ncl או כל מה שאנשים מסביבך משתמשים.

#2
+17
Deditos
2014-04-17 02:55:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

הכותבים של netCDF, UNIDATA, מנהלים רשימה נרחבת למדי של תוכנות הדמיה באתר netCDF. זה אפילו מזכיר תוספת של Excel, למזוכיסטית, ככל הנראה.

לאורך השנים מצאתי ש Ferret אמין עם קבצים תואמי CF (ולא תואם. אלה לצורך העניין) ושימושיים למראה מהיר אינטראקטיבי ומניפולציות פשוטות. הוא מבין, למשל, את פורמט הזמן המומלץ על ידי CF UDUNITS ויחיל באופן אוטומטי על התכונות scale_factor ו- add_offset על משתנים. זה בהחלט מהיר יותר להשיג משהו על המסך מאשר מסלול ה- Python / R / Matlab שאני בדרך כלל לוקח לעלילות איכות של מצגת ופרסום.

אם אתה מחפש צופה דמוי GUI יותר, אני כבר שמעתי דברים טובים על Panoply, אם כי אני חייב להודות שמעולם לא השתמשתי בזה בעצמי.

תודה שהצבעת על רשימת התוכנות. מצאתי של- [ncBrowse] (http://www.epic.noaa.gov/java/ncBrowse/) יש את ממשק הצבע-ולחץ הקל ביותר מבין אלה שניסיתי.
#3
+12
milancurcic
2014-04-23 08:52:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני שומר ncview על התבוננות מהירה בקבצי NetCDF.

אני ממליץ גם לנסות את Viewer Data Integrated (IDV) של Unidata. זה נהדר לשכבת שדות גיאופיזיים בתלת מימד ממקורות שונים. מלבד NetCDF, הוא תומך בפורמטים רבים אחרים. זה מגיע גם עם רשימת טעונים מראש של מאגרי נתונים תצפיתיים ומודלים שונים באמצעות THREDDS ו- OpenDAP. IDV מאפשר לך גם להגדיר פונקציות ופעולות בין שדות ברשתות או בתחזיות שונות. שים לב ש- IDV אינו טוב לניתוח רציני לדעתי, אך הוא מתאים יותר לבדיקת מערכי נתונים באופן חזותי.

#4
+11
Matteo De Felice
2014-04-22 12:29:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

בדרך כלל אני משתמש בתוכנות הבאות לתצוגה מהירה של קבצי NetCDF שלי:

  1. NASA Panoply ( Panoply netCDF, HDF ו- GRIB Data Viewer): מבוסס Java , טוב מאוד בפתיחת HDF, NetCDF, GRIBs ...
  2. CDO מתפקד כמוצלל, קווי מתאר וכו '(בסיסי מאוד אך שימושי משורת הפקודה)
  3. MATLAB ו- R עם הפונקציות הבסיסיות שלהם
#5
+11
ivica
2014-04-23 12:04:40 UTC
view on stackexchange narkive permalink

רק כדי להוסיף את נקודת המבט שלי;

  1. באמצעות ncks אתה יכול לעשות הרבה דברים, כלומר להבדיל, getratio, לחלץ קצת vars, לחתוך על הממד וכו '.
  2. אם אתה רוצה לבצע פעולות בינאריות על קבצי netcdf שוקלים ncbo. עבור קבצים ענקיים אני מעדיף לצמצם את מה שאני רוצה מלכתחילה, זה עושה גם שלט רחוק.
  3. שונא את matlab אז עברתי ל- NCL (NCAR) שהוא ישר קדימה ויש לו סקריפטים רבים שהוכנו כבר לרוב הדגמים הנפוצים. אין צורך לומר שהוא מייצר נתוני איכות פרסום;)
  4. יש חלק מהליב עבור פיתון (pyNGL), אותו תחביר, כך שפעם כאשר מכירים את ncl קל להשתמש בו גם בפיתון, תומך לפורמטים אחרים כמו grib, hdf, ...
#6
+6
arkaia
2015-01-27 02:30:16 UTC
view on stackexchange narkive permalink

באמצעות Matlab, אתה יכול לעשות ncgeodataset ( http://code.google.com/p/nctoolbox/wiki/ncgeodataset) כדי לדגום מחדש את ה- netcdf מבלי שתצטרך להוריד מערכי נתונים גדולים.

למשל,

  nc = ncgeodataset ('http://thredds.jpl.nasa.gov/thredds/dodsC/ncml_aggregation/OceanTemperature/ghrsst/aggregate__ghrsst_JPL_OUROCEAN-L4UHfnd -GLOB-G1SST_OI.ncml '); gvar = nc.geovariable ('analysed_sst'); s.time = {'20-May-2012', '24 -May-2012 '}; s.lat = [40 41.5]; s.lon = [0 2.0]; תת = gvar.geosubset (ים); % שיטת תת קבוצה pcolor (sub.grid.lon, sub.grid.lat, double (squeeze (sub.data (1,:,:)))) - 273.15);  
#7
+4
Neo
2014-04-16 22:47:52 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אמנם אינני יודע את הספציפיות של דוגמנות אוקיינוס, אלא אם כן יש "תקן" בו הצמתים מסודרים וכתובים (כלומר X, Y, Z), תמיד יהיה צורך בקידוד. יתר על כן, הדרך בה כתוב קובץ נתונים תלויה תמיד באופן שבו המשימות במודל מוקצות למעבד: האם המודל נועד להפעלה במחשב אישי או באשכול Beowulf?

ייתכן שתוכל להשתמש במשהו כמו OpenDx, כדי להשוות בין תוצאות דוגמנות האוקיאנוס, אם כי אני עדיין חושב שסקריפט פיתון מהיר יהיה על מנת לעצב כראוי את כל סוגי הנתונים .

אני מניח ש- netcdf שואף להיות הסטנדרט הזה ... אבל נראה שעדיין יש הסכמה מוגבלת בקרב ספקי התוכנה.
@SimonW, אני חושב שזה CF ששואף להיות תקן המטא-נתונים עבור משתני מדעי כדור הארץ. NetCDF הוא יותר פורמט מיכל אגנוסטי.
@defitos לא ממש אגנוסטי, מכיוון שהם מציעים להשתמש ב- CF


שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...